No Brasil o Regime se iniciou sob os auspicios do Grande Priorado Independente da Lusitânia que outorgou as Cartas Constitutivas das primeiras Lojas de Santo André e logo das primeiras Prefeituras, constituindo-se uma Delegação Nacional com sede no Brasil e nomeando-se como seu Delegado ao Reverendo Cavaleiro Santiago Ansaldo de Aróstegui, CBCS.

Em 7 de Setembro 2008 o Grande Priorado da Helvetia, Mãe do Mundo, e com o acordo unânime e presença de todos os Grandes Priorados, outorgou Carta Patente e sagrou o Grande Priorado do Brasil da Ordem dos Cavaleiros Benfeitores da Cidade Santa, com jurisdicção nacional exclusiva, instalando como seu primeiro Grão Prior/Grão Mestre Nacional ao Mui Reverendo Cavaleiro Santiago Ansaldo de Aróstegui, CBCS, GCT e seu primeiro Grão Prior Adjunto ao Reverendo Cavaleiro Manoel Oliveira Leite, CBC, GCT

Igualmente e seguindo a Tradição Templária constituiu a XIª Província denominada Terras de Vera Cruz, que abrange o território da República  Federativa do Brasil

O Grande Priorado do Brasil está posto sob o governo supremo de um Grão Prior/Grão Mestre Nacional que dirige a Ordem assistido por um Diretório composto de Grandes Oficiais. Um Grande Capítulo constitui o órgão deliberante e se reúne ao menos uma vez ao ano. Por outra parte, um Rei de Armas cuida do Armorial do Grande Priorado.

As Prefeituras estão dirigidas por um Prefeito e reúne os C.B.C.S. e os Escudeiros Noviços do território. Do Prefeito dependem as Lojas de Mestres Escoceses de Santo André a ele vinculadas.